后赵灵儿经山神点化，得知自己是女娲后人。逍遥、月如、晋元则误以为灵儿被蛇妖所捉，3人斩杀蛇妖狐妖。

同时灵儿遇见寻找自己的少时玩伴阿奴，破庙中，拜月教徒偷袭而至，南诏国石长老义子唐钰出现击退敌人，保护了灵儿和阿奴。

逍遥、月如来到僵尸镇，在韩医仙家意外见到了被救的灵儿。为解除僵尸之灾，逍遥、灵儿、月如将赤鬼王打败，并得到土灵珠。

灵儿独自离去，逍遥、月如一路找寻灵儿，来到扬州城，被女飞贼卷入麻烦之中。

逍遥带负心的胖富商来见蛤蟆精时与灵儿碰面。灵儿一行人与逍遥、月如共同住进了同一家客栈，逍遥与唐钰结为好友又巧遇晋元。

逍遥、灵儿、月如、阿奴、唐钰、晋元几个年轻人在客栈中各自思考他们的人生、理想、情感。

花灯会后，逍遥、月如、晋元起身上路，唐钰、阿奴被拜月埋于地下，灵儿被剑圣镇于锁妖塔内。

逍遥、月如听说晋元得了重病，赶往刘家，二人与蜘蛛精打斗，晋元新婚妻子彩依为救晋元化作彩蝶。

酒剑仙带逍遥、月如乘坐飞天葫芦来到蜀山救灵儿。阿奴与唐钰得救。拜月教主来到刘家害死晋元父母，带走晋元。

逍遥、月如进入锁妖塔，剑圣利用逍遥之口，使姜明灵魂得到解脱。接近灵儿被锁之外，逍遥所吃的忘忧蛊药力失效，他记起曾经和灵儿在仙灵岛的种种。

月如为了救逍遥和灵儿葬身于锁妖塔中。为救灵儿，逍遥去女娲庙，并被女娲娘娘送回十年前。灵儿诞下一女。阿奴刚与酒剑仙父女相认，却被拜月教主控制，使唐钰自断双臂。

逍遥、唐钰杀入拜月教。灵儿说服巫王终于重振精神下旨铲除拜月教。晋元暗中相助逍遥，临死前告知吊坠的力量。

渴望重塑天地的拜月教主，再次召唤水魔兽，制造洪水，逍遥和灵儿赶来阻止。

逍遥、灵儿在与拜月教主的较量中，渐处下风，此时，阿奴、唐钰各拿吊坠诚心许愿，召回了大地之力，拜月教主力量瓦解，二人也变成了飞鸟比翼双飞。

最后灵儿打死了水魔兽也受了重伤，死在逍遥怀中。

仙剑奇侠传三，讲的是永安当小伙计景天，因为天定姻缘，与唐门大小姐唐雪见结识。

随后两人共同经历了霹雳堂的毒人之变，受蜀山掌门的托付，将蜀山五位长老的邪念化身，邪剑仙送往神界天池净化。

在送往的途中，蜀山大弟子徐长卿与女娲后人紫萱的三世情缘出现，两人爱恨纠缠。

经历一番战斗，景天等人收集到土、火、雷三颗灵珠，然后进入神界。

此时景天的身份揭开，原来他是千年前的神界第一高手，飞蓬！

千年前，神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手，一直难分胜负，两人逐渐有惺惺相惜之意。

后，重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗，一较高下。

两人势均力敌，比试旷日持久，最终导致飞蓬镇守的南天门被魔兵袭击。

随后触犯天条的飞蓬被天帝派兵捉拿，导致飞蓬与重楼的一战就此中断。

而唐雪见的身份也被揭开，他是神界女神夕瑶用神树果实所造，专门送往下届去陪伴飞蓬的。

天池边，徐长卿被邪剑仙迷惑，最终导致邪剑仙逃走。

然后超脱六界的邪剑仙，成了无人能敌的存在。

最后景天靠着牺牲妹妹龙葵铸造的神剑，击杀了邪剑仙！