在难民所里，许多难民失散了亲人，生离死别的痛苦笼罩着难民营。

华女士安慰鼓励她们，给她们胜利的信心和生活的勇气，她说“中国没有亡，中国不会亡，日本一定会失败。”

同时她为难民寻找失散的亲人。每天早上，她都派员工到难民中去登记，写上失散人的姓名，然后由她转交安全区国际委员会或交日本使馆，催促他们去设法寻找。

12月1日，美国大使馆最后一次召集所有尚滞留南京的为数不多的美国公民，警告他们：“再不撤离，以后我们将无法保证你们的生命安全。”

魏特琳再次坚定地表示：“我不能在这个时候抛开中国！”

然后，她在大使馆出示的“无论如何也不离宁”的证书上签上自己的姓名。这已经是她第四次郑重拒绝了美国大使馆要她离开南京的请求。

日军攻入南京城后，一直生活在和平环境与工作在学校中的魏特琳第一次目睹了日军令人发指的暴行，感到震惊与愤怒。

12月16日她在日记中写道：

“今晚一辆载有8－10名女子的车子从我们这儿经过。当车子开过时，她们高喊‘救命，救命’。街上和山下不时传来的枪声，使我意识到又有一些人遭受悲惨的枪杀命运，而且很可能他们不是士兵。”

尽管金女大校园门口挂着美国国旗与日本大使馆的公告，但对凶暴发狂的日军官兵已不起作用。每天都有成批的日军或从校门口强行入校，或爬过围墙入校。魏特琳一会儿守在大门口，拦阻喝斥企图强行入校的日军，一会儿又赶到校内其他地方赶走偷爬进墙的日军。

正如她在12月16日的日记中所写：

“一天中的大多数时间我都像卫兵一样守卫在前门或是被叫去处理其他问题——跑到学校的其他地方去对付进入校园的一批又一批日本兵。”

有许多晚上她都是和衣而睡，以便能随时起来去应对突发事件。她还组织起巡逻队，日夜守卫校园，保护难民的安全。魏特琳作为南京大屠杀的重要见证人，她在日记中写道：

“我们这些人认为战争是民族的罪行，是违反在天地万物心灵深处创世精神的一种罪过，但我们可以把自己的力量奉献给那些无辜受害者，以及献给那些家庭被烧、被抢，或是那些在战争时期被大炮、飞机炸伤的人，帮助他们康复。”

一次，她看见一个中国小男孩戴着日本人的臂章来给住在金女大的姐姐送饭，便上前对那小孩说：“你不用佩戴太阳旗，你是中国人，你们的国家没有亡！你要记住是哪年哪月戴过这个东西的，你永远不要忘记！”

说着，她帮那个男孩把那臂章取了下来。她在日记中写道：“从军事角度而言，占领南京也许会被认为是日军的一个胜利，但从道义方面而言，这是失败，是日本民族的耻辱！”