再就是对军队的掌控问题，在明朝后期，朝廷军队编制非常混乱，军队的战斗力极差，不管是面对李自成等农民军也好，还是面对关外的清兵也罢，都被打的稀里哗啦。一支万人的大军中真正有战斗力的往往只有主将的几百亲兵，而且明朝后期的军队还有一个非常不好的地方，就是兵为将有，朝廷对军队的掌控非常的差，在明朝后期造成了军阀众多，前有吴三桂等关宁铁骑，后有南明江北四镇。主将生异心的话，整个军队都会跟着造反。

任思齐当然不允许以后自己的军队出现这种情况，自己辛辛苦苦建立的军队，得完全由自己掌控。所以任思齐决定借鉴后世人民军队，在一个军队中设立双主官。例如一个队，除了设立队正一职外，任思齐决定在设队监一职，也就是监军，相当于后世的政委，队正和队监平级不分大小。战斗训练之事由队正负责，生活纪律方面则归队监管。这样的话，两个人相互制衡，就没法生出异心来，任思齐也能保证对军队的掌控。

任思齐任命安东尼为第一队的队监，和晋玉飞一起掌控第一队。任命任兴凡为第二队的队监，和荷兰人门罗一起掌控第二队。

除了这以外，任思齐在每一队设镇抚一职，掌军纪军法。任命曹长江为总镇抚，掌管整个陆军军法。

既然在陆军采用双主官，那水军也同样。每一条船，除了管带以外，任思齐另外任命了船监。管带负责行船作战，船监则负责生活，负责对管带进行监督。

这一整套系统繁杂无比，任思齐带着识字的任兴凡宋立本等人弄了多日，才把这一整套编制形成文字条例。然后把命令宣布了下去。

随着命令宣布下去，各主官各自上任。任思齐也只是自己宣布了每一条船每一个队的主要职位的任命，具体到各职位例如每一条船的舵手，则需要各主官自行任命。

这下整个高亭镇一下子噪乱了起来，茅十八等各船管带船监急急忙忙的寻觅着自己船上各职位合适的人选，各船员也都暗自思量着自己能做的职位，找着各自的关系。

足足用了十天的时间，各船职位才重新理顺，所有人都找到了自己的位置。

又花了几天时间，每个队每条船的花名册才算编制完成。看着面前厚厚的名册，任思齐长出一口气，有了这几本名册，任思齐觉得自己才算完全掌控了所有属下。