这主要有一个原因，那就是独孤琴、独孤轩轩姐妹与万清源分手已经有了一段时间，这次万清源死里逃生从青城山逃到西城，若不是独孤轩轩出手相救，只恐怕万清源早就已经一命归西。

独孤琴还清楚地想起自己被万清源接回到江南祁府的时候，许多武林人士齐聚江南祁府要质问自己，当时是万清源一直陪在自己的身边，让自己心中踏实许多，只是后来一群黑衣人冲进江南祁府，除了将一些江湖有些名气的高手掳走之外，因为这些人还有用处，只要将这些人送到青城山，那么魔公子谢谦自然会将这些江湖高手训练成对自己有用的人。对于其余的人，只有一个字，杀。

当然对于独孤琴也不例外，因为一笑山庄和江南祁府已经被消灭，那么独孤琴便也失去了利用的价值。从独孤无寿的角度，独孤琴的存在已经就是自己眼中的一个障碍，于是独孤无寿便下令黑衣人，对独孤琴也是格杀勿论。

对于独孤无寿私下命令对姐姐独孤琴格杀勿论，独孤轩轩是完全不知情的，只是后来姐妹相认之后，独孤琴说到此事，也是将独孤轩轩吓出一身冷汗，毕竟独孤琴是自己的亲姐姐。

独孤琴因为在一笑山庄之时已经有些不太舒服，当时虽然是以偶感风寒作为借口，没有前去参加一笑山庄二庄主秦小颠的婚庆，当时独孤琴在卧室休息的时候，可能是心中有愧，内疚所致，还真的有些头疼起来，不一会便昏昏沉沉地睡着了。

其实在一笑山庄的时候，独孤无寿就已经下令如果有机会，一定也将独孤琴一并铲除，可是，在一笑山庄二庄主秦小颠成亲的那天夜里，参与处死独孤琴行动的人当中，有一人与独孤琴感情甚笃，可以说是看着独孤琴长大的，在傲来山的时候，还曾经陪伴独孤琴一段时间，所以这人在关键时刻，趁着其他两名同伴没有注意，出手结果了这两名同伴，将熟睡中独孤琴叫醒，并告知下山的唯一通道，通过这人的指点和帮主，独孤琴终于死里逃生，离开一笑山庄，在中途遇到前来接应自己的万清源。

躲过了初一，却躲不过十五，独孤琴满心以为自己回到江南祁府便会安全，可是根本就没有想到会有许多江湖好汉前来质询自己关于一笑山庄那夜发生的事情，更为恐怖的是独孤无寿安排的黑衣人已经在江南祈府附近设计布局，江南祁府顿时血流成河，自己与万清源已经被人群冲散，独孤琴身体有恙，只是抵挡了一会，便感到力所不支，好在独孤琴熟悉江南祁府的布置情况，乘黑衣人不备，溜进自己的闺房，发现自己的贴身丫鬟已经被杀，于是灵机一动，使出易容之术，将自己的贴身丫鬟整容成自己的模样，然后自己藏身一处非常隐蔽的地方，等到黑衣人在确认独孤琴已经被杀之后离开江南祁府，独孤琴这才只身一人逃脱，此后独孤琴便隐姓埋名乔装打扮，四处打听关于一笑山庄和看江南祁府血案的真正凶手，同时也在寻找夫君秦小痴的下落。

虽然后来独孤无寿发现独孤琴还活在世上，顿时勃然大怒，但是事已至此，只好重新安排人员，也就是毒婆娘师思思对独孤琴进行追杀，在独孤琴前往九江的中途，被毒婆娘师思思截杀，险些丢掉性命，幸亏上官杰出现，让毒婆娘师思思吃了一个大亏，只好速速逃命去了。

也就是从那时起，自己就和万清源分开，当然独孤琴起初也是不知道万清源是否还活着，直到万清源在前不久出现在西城，独孤琴这才知道万清源依然还活在世上。

所以独孤琴和独孤轩轩都对万清源有一种感激的情绪，只不过独孤轩轩更加理性一些，而独孤琴则始终不太相信万清源会做出背叛的事情，即使是在事情已经挑明的情况下，独孤琴仍还是抱有一线希望。